Las tecnologías de transcriptómica de una sola célula y espacial han avanzado significativamente nuestra comprensión de los mecanismos moleculares que subyacen en la biología de los cultivos. Esta revisión presenta una actualización sobre la aplicación de estas tecnologías en la mejora de cultivos. La heterogeneidad de las diferentes poblaciones celulares dentro de un tejido juega un papel crucial en la respuesta coordinada de un organismo a su entorno. La transcriptómica de una sola célula permite la disección de esta heterogeneidad, ofreciendo información sobre las respuestas transcriptómicas específicas de las células de las plantas a varios estímulos ambientales. Las tecnologías de transcriptómica espacial complementan los enfoques de una sola célula al preservar el contexto espacial de los perfiles de expresión génica, lo que permite la localización in situ de los transcritos. Juntas, la transcriptómica de una sola célula y la transcriptómica espacial facilitan el descubrimiento de nuevos genes y redes regulatorias génicas que pueden ser objeto de manipulación genética y estrategias de cría destinadas a mejorar el rendimiento, la calidad y la resiliencia de los cultivos. Esta revisión destaca hallazgos significativos de estudios recientes, discute los roles en expansión de estas tecnologías y explora futuras oportunidades para su aplicación en la mejora de cultivos.