El silenciamiento génico inducido por virus (VIGS) es una técnica de genética inversa mediada por ARN que se ha convertido en una herramienta efectiva para investigar la función de los genes en las plantas. El algodón es uno de los cultivos económicos más importantes a nivel mundial. En la última década, el VIGS se ha aplicado con éxito en estudios genómicos funcionales del algodón, incluidos aquellos que examinan las respuestas a estrés abiótico y biótico, así como el desarrollo vegetativo y reproductivo. Este artículo resume los vectores tradicionales utilizados en el sistema VIGS del algodón, los marcadores visibles utilizados para el silenciamiento génico endógeno, las aplicaciones del VIGS en la genómica funcional del algodón y las limitaciones del VIGS y cómo se pueden abordar en el algodón.