Como uno de los cultivos de cereales esenciales, el trigo proporciona el 20% de las calorías y proteínas consumidas por los humanos. Debido a la expansión de la población, cambio en la dieta y cambio climático, es un desafío para los mejoradores de trigo desarrollar nuevas variedades para cumplir con los requisitos de producción de trigo. La selección asistida por marcadores (MAS) tiene ventajas distintas sobre la selección convencional en el mejoramiento de plantas, como ser ahorradora de tiempo, rentable y orientada a objetivos. Esta revisión intenta dar una descripción de diferentes marcadores moleculares: sitio etiquetado de secuencia (STS), repetición de secuencia simple (SSR), genotipado por secuenciación (GBS), matrices de polimorfismos de nucleótido único (SNP), captura de exoma, PCR específica de alelo competitivo (KASP), secuencia polimórfica amplificada y clivada (CAPS), PCR asimétrica semitermal inversa (STARP) y genotipado por secuenciación de objetivo (GBTS). También resumimos algunos loci de rasgos cuantitativos (QTL)/genes, así como sus marcadores vinculados, que son potencialmente útiles en MAS. Este documento proporciona información actualizada sobre algunos marcadores vinculados a rasgos críticos y sus aplicaciones potenciales en programas de mejoramiento de trigo.