La secuenciación por nanoporo es una técnica de secuenciación de biopolímeros de tercera generación que se basa en monitorear los cambios en una corriente eléctrica que ocurren a medida que los ácidos nucleicos pasan a través de un nanoporo de proteína. La creciente calidad de las lecturas generadas por los sistemas de secuenciación por nanoporo fomenta su aplicación en la detección de polimorfismos a nivel genómico y en la genotipificación. En este estudio, empleamos la secuenciación por nanoporo para identificar polimorfismos a nivel genómico en el genoma del caballo. Para reducir el tamaño y la complejidad de los fragmentos genómicos para la secuenciación de manera simple y rentable, amplificamos fragmentos de ADN aleatorios utilizando un DOP-PCR modificado y secuenciamos los productos resultantes utilizando el sistema MinION. Después de un filtrado inicial, esto generó 28,426 polimorfismos, que fueron validados con una tasa de error del 3%. Tras un filtrado adicional por polimorfismo y reproducibilidad, identificamos 9495 SNPs que reflejaron la estructura de la población equina. Para concluir, el uso de la secuenciación por nanoporo, junto con un paso de enriquecimiento genómico, es una herramienta prometedora que puede ser práctica en una variedad de aplicaciones, incluyendo la genotipificación, la genómica poblacional, los estudios de asociación, el mapeo de ligamiento y potencialmente la selección genómica.