Este documento investiga el uso de la navegación basada en púlsares para CubeSats en el espacio profundo. Se presenta un enfoque novedoso para abordar el cálculo a bordo de soluciones de navegación y las capacidades de cronometraje de una nave espacial en un crucero por el espacio profundo, y se discuten la implementación relacionada y las simulaciones numéricas. La detección, procesamiento y explotación de la señal del púlsar se simulan para la navegación a bordo de una nave espacial, mostrando así la viabilidad de la estimación autónoma del estado en el espacio profundo, incluso para satélites miniaturizados.