En los últimos años, los estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) y los estudios de asociación a nivel del metaboloma (mGWAS) han surgido como métodos cruciales para investigar rasgos complejos en animales y plantas. Estos han desempeñado roles fundamentales en la investigación sobre la cría de ganado y aves de corral, facilitando una comprensión más profunda de la diversidad genética, la relación entre los genes y las bases genéticas en el ganado y las aves de corral. Este artículo ofrece una revisión de las aplicaciones de GWAS y mGWAS en la cría genética animal, con el objetivo de ofrecer referencia e inspiración a los investigadores relevantes, promover la innovación en la mejora genética animal y los métodos de cría, y contribuir al desarrollo sostenible de la ganadería.