Las principales enfermedades que afectan la producción de café a nivel mundial son la roya de la hoja del café (CLR) y la enfermedad de la baya del café (CBD), causadas por hongos respectivamente. La identificación de cultivares con genes de resistencia apilados es de suma importancia para el control de estas enfermedades. Este trabajo tuvo como objetivo perfilar la resistencia fenotípica y genética de 160 genotipos pertenecientes a 36 cultivares comerciales de café de cinco países de Centroamérica con respecto a la resistencia a las razas II y XXXIII a través de evaluaciones fenotípicas y evaluaciones asociadas con los loci genéticos de resistencia a CLR y CBD mediante marcadores moleculares. De los 160 genotipos evaluados de Centroamérica, el 26.25% presentó genes apilados en los tres loci de resistencia a CLR y el locus de resistencia a CBD, y resistencia a las razas II y XXXIII cuando fueron inoculados con urediniosporas. Además, se identificaron 14 genotipos con la presencia del gen, cuya resistencia aún no ha sido vencida. Este trabajo reveló errores en los datos de pasaporte o hibridaciones en cultivares e incluso posibles roturas de resistencia en el grupo genético Catimor. Estos resultados son esenciales para la búsqueda de estrategias en los programas de mejoramiento genético del café.