Aplicamos hibridación genómica in situ (GISH) para analizar la constitución genómica y el apareamiento meiótico en híbridos somáticos interespecíficos, y en un amplio subconjunto de derivados de retrocruce (BC-BC), de tres combinaciones interespecíficas que involucran la papa cultivada (genoma AAAA), y tres especies silvestres de papa mexicana diploides (genoma BB)-, , y . La composición genómica teóricamente esperada se detectó en los híbridos somáticos (AAAABB) y en la progenie de BC (AAAAB), mientras que en las generaciones posteriores de BC-BC, se observó la pérdida parcial de cromosomas alienígenas y casi todos los genotipos de BC mostraron una eliminación completa de cromosomas de especies silvestres. GISH reveló un apareamiento homeólogo entre los cromosomas de los genomas A y B en cada una de las progenies híbridas. Utilizando GISH, seleccionamos líneas de introgresión con un solo cromosoma de la especie silvestre en un fondo genómico de papa, así como líneas de introgresión con cromosomas recombinantes intergenómicos. Además, a través de la detección molecular, se seleccionaron híbridos de BC con marcadores diagnósticos para los genes que confieren resistencia a la enfermedad del tizón tardío y a la plaga de cuarentena de la papa-nemátodo de la raíz-Columbia. Se discute la aplicación potencial de los resultados obtenidos para la planificación de esquemas introgresivos dirigidos a la cría de líneas avanzadas con resistencia a múltiples enfermedades y plagas.