La diversidad en la pigmentación de antocianinas en flores es vital en el mercado de plantas ornamentales. Para entender la regulación de la pigmentación de los filamentos de la corona de la flor, investigamos los perfiles de antocianinas de cinco especies distintas utilizando HPLC-MS. Se identificaron un total de 14 antocianinas, distribuidas de manera diferencial en las especies analizadas, como responsables de las diferencias en el color de la corona, que se pueden atribuir a diferentes proporciones de pelargonidina, cianidina y delphinidina. Además, evaluamos la expresión de algunos genes biosintéticos, incluyendo algunos que parecen regular la acumulación de cianidinas, determinan la pigmentación azul y mejoran la biosíntesis de pelargonidinas. Además, se examinaron tres genes que codifican factores de transcripción clave mediante qPCR. Los resultados confirman que dichos genes regulan la biosíntesis de antocianinas y proporcionan información sobre los mecanismos moleculares que subyacen a la biosíntesis de pigmentos para su aplicación en biotecnologías.