Las legumbres intensamente pigmentadas pertenecientes a spp. son valoradas como un componente esencial de la nutrición saludable debido a su alto contenido de flavonoides. En este contexto, utilizamos las accesiones de con diferentes colores de tegumentos de semillas de la colección del Instituto All-Ruso de Recursos Genéticos de Plantas N.I. Vavilov como el objeto principal de esta investigación. Aplicamos microscopía confocal de barrido láser, análisis bioquímico y amplios análisis in silico y genéticos moleculares para estudiar los principales genes candidatos para la pigmentación de antocianinas dentro del clúster en el cromosoma 5. Realizamos un procesamiento estadístico de los datos. El contenido de antocianinas varió desde 2.96 mg/100 g de peso seco en accesiones de frijol de ojo negro con semillas de color marrón rojizo hasta 175.16 mg/100 g de peso seco en las de semillas negras. La microscopía láser mostró que la autofluorescencia en las semillas de frijol de ojo negro fue causada principalmente por compuestos fenólicos. La máxima fluorescencia se observó en el tegumento de la semilla, mientras que su color oscuro, debido al nivel más alto de fluorescencia roja, apuntó a la presencia de antocianinas y antocianidinas. Los genes del clúster en el cromosoma 5 demostraron una alta homología y se segregaron en un clado separado. Sin embargo, no se obtuvieron productos de amplificación para todos los genes debido a la truncación de algunos de ellos. El análisis estadístico mostró una clara correlación entre el alto contenido de antocianinas en las semillas de frijol de ojo negro y la presencia de productos de PCR con los primers Vigun05g0393-300-1.