El morado (cáscara de maíz) en el maíz nativo representa un rasgo fenotípico de importancia cultural y agronómica dentro de los agroecosistemas mesoamericanos tradicionales. Este estudio evaluó la expresión fenotípica de antocianinas en tejidos vegetativos y reproductivos de diez genotipos de maíz nativo, incluidos cruces interparentales derivados de líneas pigmentadas y no pigmentadas. Se realizaron ensayos de campo en condiciones de lluvia en Chiapas, México. Las evaluaciones visuales y cuantitativas incluyeron la intensidad de pigmentación, el contenido de clorofila y carotenoides, las características y apariencia de las mazorcas, la salud del grano y el rendimiento. Los genotipos que exhibieron el fenotipo morado mostraron una acumulación de pigmento consistente en tallos, nudos, vainas de hojas, espigas y brácteas (totomoxtle), con diferencias estadísticamente significativas en comparación con los controles no pigmentados. El contenido de antocianinas en el totomoxtle aumentó en un 30% durante las etapas de desarrollo tardío, mientras que los niveles de clorofila y carotenoides alcanzaron su punto máximo durante el crecimiento vegetativo temprano. Los materiales pigmentados mostraron granos más saludables, una mejor apariencia de las mazorcas y mayores rendimientos, siendo el cruce JCTM x LLMJ el que alcanzó 6.60 t ha. Estos hallazgos destacan el valor funcional del totomoxtle morado y su potencial en programas agroecológicos orientados a la resiliencia, la conservación genética y la utilización integral de recursos, proporcionando criterios útiles como la expresión estable de pigmentos y un rendimiento superior para guiar estrategias de reproducción sostenible.