Este artículo proporciona un resumen del conocimiento actual sobre los metabolitos del trigo que pueden afectar la resistencia contra la fusariosis de la espiga (FHB). Se evalúan los mecanismos de resistencia, los roles de los metabolitos secundarios en la defensa del trigo y las futuras direcciones para la cría. Los fenoles solubles juegan un papel importante en la regulación redox en los tejidos vegetales y pueden actuar como compuestos antimicrobianos. El color de las cáscaras y granos de cereales es causado por pigmentos naturales como las antocianinas en las capas de aleurona, endospermo y pericarpio del grano. Los ácidos fenólicos, los alquilresorcinoles y las fitohormonas participan activamente en el sistema de defensa, mientras que los carotenoides muestran diversos efectos contra especies que están correlacionadas positivamente con los niveles de sus micotoxinas. La infestación de patógenos en los tejidos vegetativos induce la producción de compuestos orgánicos volátiles, que pueden proporcionar funciones defensivas al trigo infestado. El uso eficiente de la resistencia nativa en el pool genético del trigo, la introgresión de alelos resistentes y la implementación de estrategias genotípicas modernas para aumentar los niveles de metabolitos secundarios nativos con propiedades antifúngicas pueden mejorar la resistencia a la FHB de nuevas variedades. Ampliar el interés de cría en el uso de formas con diferentes colores de grano y órganos de la planta puede ser un beneficio potencial para la creación de líneas con mayor resistencia a diversos estreses.