El comensal en el intestino de los cerdos es un importante reservorio de resistencia antimicrobiana y puede resultar en una posible transmisión a los humanos a través de la cadena alimentaria. La detección directa de muestras fecales es un desafío y puede utilizarse como un bioindicador de resistencia antimicrobiana. Este estudio tuvo como objetivo comparar los perfiles de susceptibilidad antimicrobiana en comensales de granjas de cerdos que utilizan y no utilizan antibióticos y desarrollar la detección directa de genes ESBL en muestras fecales de cerdos utilizando técnicas de PCR anidada (nPCR) y PCR multiplex (mPCR). Todos los resultados genotípicos directos fueron validados con los resultados de la secuenciación de PCR de colonias aisladas. Se encontraron productores de ESBL en el 98.6% (145 aislamientos) y el 96.6% (144 aislamientos) de las granjas que utilizan y no utilizan antibióticos, respectivamente, predominantemente CTX-M-55. La nPCR disminuyó el límite de detección (LOD) de sPCR aproximadamente 100 veces, y se alcanzaron los LOD más bajos de 10, 10 y 1 UFC/mL después de incubar las muestras en un medio de enriquecimiento durante 2, 4 y 8 horas, respectivamente. Las técnicas de mPCR, sPCR y nPCR mostraron sensibilidades del 30.15%, 69.85% y 91.91%, respectivamente, en comparación con la secuenciación de PCR. La estabilidad y el reciclaje de los genes ESBL fueron independientes del uso de antibióticos en comensales originados en granjas de cerdos.