El cáncer gástrico metacrónico a menudo ocurre después de la resección endoscópica. Se requiere un manejo adecuado, incluida la quimioprevención, después del procedimiento. Este estudio se realizó para evaluar la asociación entre el uso de medicamentos y la incidencia de cáncer gástrico metacrónico después de la resección endoscópica. Este estudio de cohorte retrospectivo multicéntrico se llevó a cabo con datos de nueve bases de datos hospitalarias sobre pacientes que se sometieron a resección endoscópica por cáncer gástrico entre 2014 y 2019. El resultado principal fue la incidencia de cáncer gástrico metacrónico. Evaluamos las asociaciones de la ocurrencia de cáncer gástrico metacrónico con el uso de medicamentos y factores clínicos. Las razones de riesgo ajustadas se ajustaron por edad y puntajes del índice de comorbilidad de Charlson, con y sin consideración del sexo, estado de tabaquismo y recepción de terapia de erradicación durante el período del estudio. Durante un período medio de seguimiento de 2.55 años, el 10.39% (140/1347) de todos los pacientes desarrollaron cáncer gástrico metacrónico. El uso de antibióticos distintos de aquellos utilizados para la erradicación se asoció con una menor incidencia de cáncer gástrico metacrónico que la no utilización (razón de riesgo ajustada (aHR) 0.56, intervalo de confianza (IC) del 95% 0.38-0.85, p = 0.006). El uso de medicamentos probióticos también se asoció con una menor incidencia de cáncer gástrico metacrónico en comparación con la no utilización (aHR 0.29, IC del 95% 0.091-0.91, p = 0.034). En conclusión, el uso de antibióticos y medicamentos probióticos se asoció con un menor riesgo de cáncer gástrico metacrónico. Estos hallazgos sugieren que el microbioma intestinal está asociado con el desarrollo de cáncer gástrico metacrónico.