El objetivo de este estudio fue describir la anatomía y ontogenia de la semilla de Pterodon emarginatus mediante las técnicas habituales. Los óvulos son campilotropos, crasinucelados y bitégmicos. Durante el desarrollo del tegumento ocurren los siguientes procesos: divisiones anticlinales y acumulación de compuestos fenólicos en la exotesta, cuyas células se transforman en empalizada; divisiones predominantemente periclinales y expansión celular en la mesotesta, donde se diferencia el haz rafeal; diferenciación de la capa de células en reloj de arena adyacente a la empalizada; fusión de los tegumentos externo e interno, que permanecen como estructuras individualizadas solo en el extremo micropilar; e intensa impregnación de pectina en las paredes más gruesas de la mesotesta, con lignificación restringida al xilema. En el polo hiliar, se desarrolla la estructura característica de la semilla de Faboideae, con doble capa en empalizada, parénquima subhiliar y barra traqueal. La nucela más joven presenta paredes celulares pécticas más gruesas y se consume durante la formación de la semilla. El endospermo es nuclear y, tras la celularización, presenta células periféricas con un denso contenido lipídico; las semillas son albuminosas. El embrión axial presenta cotiledones carnosos, que acumulan reservas de lípidos y proteínas; el almidón es escaso. Aunque la estructura de la semilla es característica de las Fabaceae, el tegumento interno se fusiona con el externo sin reabsorberse.