Glomalina, una de las glicoproteínas generadas en las esporas y hifas de los hongos micorrícicos arbusculares (AM), tiene múltiples funciones en las plantas y el suelo, mientras que el papel de la pulverización foliar de proteínas del suelo relacionadas con la glomalina fácilmente extraíbles (EE-GRSP) en los cítricos no está bien definido. Nuestro estudio tuvo como objetivo utilizar el secuenciamiento de transcriptoma referenciado para descubrir el mecanismo y el papel de EE-GRSP exógeno en dos variedades de naranja dulce de maduración tardía, incluidas Navel Lane Late (LW) y Rohde Red Valencia (XC). Se identificaron 1804 y 1861 genes diferencialmente expresados en las frutas de LW y XC, respectivamente, después de la pulverización foliar de EE-GRSP. La fotosíntesis ocupó el segundo lugar en el metabolismo de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) en la variedad LW, y la fijación de carbono en las organizaciones fotosintéticas ocupó el primer lugar en el metabolismo de KEGG en la variedad XC. La respuesta a la pulverización foliar de EE-GRSP afectó el metabolismo del almidón y la sacarosa de KEGG, con 15 (10 arriba regulados y 5 abajo regulados) y 13 (2 arriba regulados y 11 abajo regulados) genes diferencialmente expresados identificados en las variedades LW y XC, respectivamente. La (sacarosa fosfato sintasa 4) fue activada y reducida por EE-GRSP en XC y LW, respectivamente. Los genes () y (familia de hidrolasas glicosiladas 9) fueron regulados al alza y a la baja en LW y XC, respectivamente. Estos resultados establecieron la participación de la señalización molecular en respuesta a la pulverización foliar de EE-GRSP activando el metabolismo de azúcares en frutas depende de las variedades de cítricos.