El oídio (PM) es la principal enfermedad que afecta a la calabaza de botella. Los estudios anteriores sobre el PM se centraron principalmente en sus efectos en la calabaza, el melón y otros cultivos; sin embargo, el mecanismo molecular exacto de la resistencia de la calabaza de botella al PM sigue siendo desconocido. La tecnología de secuenciación de ARN (RNA-Seq) se utilizó para investigar los cambios dinámicos en los perfiles del transcriptoma de las hojas entre la calabaza resistente y la susceptible a las 12, 24, 48 y 72 h después de la inoculación con oídio. En comparación con una variedad susceptible (G3), los niveles de expresión de los genes diferencialmente expresados de la biosíntesis de fenilpropanoides, el metabolismo del almidón y la sacarosa, y las vías de interacción planta-patógeno en las plantas resistentes a la enfermedad fueron regulados al alza. Proponemos que la resistencia y la tolerancia a la enfermedad en la calabaza de botella se mejoran a través de varios caminos, incluido el sistema antioxidante, la biosíntesis de fenilalanina y la síntesis de celulosa de la pared celular. Nuestra investigación proporcionará una base importante para la posterior selección y cría de resistencia al PM en la calabaza de botella.