Las variedades locales de aguacate han ganado gran interés debido a su importancia en el mantenimiento de la biodiversidad y la presencia de compuestos bioactivos en su fruta, dependiendo de los tejidos de la fruta o las etapas de maduración. Este estudio tuvo como objetivo evaluar los componentes morfo-fisicoquímicos y nutricionales de los tejidos de la cáscara, pulpa y semilla de las variedades de aguacate Lagunero (LA) y Criollo (CA) en diferentes etapas de maduración. Además, se analizaron los perfiles fenólicos utilizando UPLC-DAD/ESI-MS, y se construyó un análisis de componentes principales (PCA) para determinar las variaciones entre los contenidos determinados de las variedades de aguacate, los tejidos de la fruta y las etapas de maduración. El CA mostró un 30% más de peso de fruta y mayores porcentajes de rendimiento de peso de semilla (0.52%) y cáscara (3.62%) en comparación con el LA. La maduración afectó significativamente las características físicas de LA y CA, y se observó una disminución sustancial en la dureza (83%) después de 4 días de almacenamiento. En LA, la maduración resultó en un aumento del contenido de grasa tanto en la cáscara como en la pulpa. En contraste, el CA mostró un aumento en el contenido de proteínas en la cáscara y la pulpa, pero una disminución en las semillas; el contenido de grasa aumentó significativamente en la pulpa de CA y los carbohidratos siguieron siendo el componente predominante en todos los tejidos, aunque disminuyeron ligeramente en las cáscaras de CA durante la maduración. La cáscara madura de LA presentó aproximadamente un 50% más de compuestos fenólicos totales que otros tejidos. La cáscara inmadura de CA mostró una mayor capacidad antioxidante según los ensayos DPPH (3831.97 uMol Eq Trolox/g dw) y ABTS+ (3674.70 uMol Eq Trolox/g dw). Los principales compuestos fenólicos identificados en la cáscara de aguacate fueron ácido clorogénico, catequina, quercetina-3-O-hexósido, quercetina-3-O-pentosido, ácido cumárico, ácido cafeico, ácido neocloroogénico, ácido ferúlico, kaempferol-3-O-rhamnosido y quercetina-3-O-rhamnosido. El análisis PCA reveló una fuerte correlación entre el ácido clorogénico y el ácido cafeico con TPC, mientras que la catequina estaba más estrechamente relacionada con la actividad antioxidante. Estos hallazgos sugieren que los tejidos de cáscara y semilla de las variedades de aguacate, a menudo considerados subproductos, son fuentes valiosas de compuestos bioactivos con alto potencial antioxidante.