En el sistema de acuicultura de peces ornamentales, la interacción entre la microbiota bacteriana y los protozoos ciliados puede prevenir o promover brotes de enfermedades, y diferentes condiciones fisicoquímicas afectarán las relaciones entre ellos. Investigamos la interacción entre la microbiota bacteriana y el parásito al infectar (guppy) bajo diferentes condiciones fisicoquímicas. Se estudiaron o monitorearon la abundancia en el agua, la abundancia relativa de especies bacterianas y la observación histopatológica utilizando tecnología de extracción de ADN ambiental (eDNA), el método de qPCR y la secuenciación de 16s rRNA, respectivamente. La identificación morfológica y el análisis filogenético se llevaron a cabo. El tejido infectado de guppy también se tiñó mediante los métodos de hematoxilina y eosina. Los resultados mostraron: (1) las comunidades bacterianas de las muestras de agua estaban compuestas principalmente por especies asignadas a Proteobacteria y Bacteroidetes, y Puniceicoccaceae estaban correlacionadas positivamente con la mortalidad de los peces, la abundancia y la temperatura. (2) y universalis con diferentes correlaciones entre ciliados aparecieron en diferentes grupos de tratamiento, cuyo resultado demostró que los factores ambientales afectaron la interacción entre las bacterias y. (3) Temperaturas más bajas y un pH más alto fueron más beneficiosos para prevenir brotes de enfermedades.