Debido a la existencia y variación de varios virus, ocurrirá una epidemia en la que se propaguen diferentes cepas al mismo tiempo. Aquí, se establece y analiza un modelo de epidemia aviaria-humana con dos cepas de virus. Tanto los resultados teóricos como de simulación revelan que las infecciones mixtas intensifican la epidemia y la dinámica se vuelve más compleja y sensible. Hay seis equilibrios. El punto de equilibrio trivial es un punto singular de alto orden y experimentará bifurcaciones transcíticas para bifurcar tres equilibrios. La existencia y estabilidad de los equilibrios dependen principalmente de cinco umbrales. Se presenta un retrato de bifurcación para la existencia y estabilidad de los equilibrios. Las simulaciones sugieren que la medida de control clave es desarrollar la tecnología de identificación para eliminar preferentemente las aves infectadas con un virus de alta patogenicidad, luego las aves infectadas con un virus de baja patogenicidad en el reclutamiento y en las granjas. Controlar el contacto entre humanos y aves puede restringir efectivamente la epidemia y controlar las infecciones en las aves puede evitar grandes infecciones en humanos.