La soja es una rica fuente de proteína vegetal tanto para el consumo animal como humano. A pesar de los altos niveles de proteína en las semillas de soja, el procesamiento industrial para obtener salvado de soja disminuye significativamente el contenido final de proteína de los subproductos. Para superar este problema, se deben desarrollar cultivares con mayores contenidos de proteína. Sin embargo, seleccionar las proteínas objetivo es difícil debido a la falta de información sobre el perfil del proteoma del salvado de soja. Por lo tanto, este estudio obtuvo los perfiles proteómicos comparativos de semillas sin cáscara naturales y salvado desgrasado de un cultivar de soja tropical de élite. Así, sus extractos fueron caracterizados utilizando LC-MS/MS y se identificaron un total de 550 proteínas. Entre estas, se detectaron 526 proteínas en semillas sin cáscara y 319 proteínas en salvado desgrasado. Además, se identificaron un total de 139 proteínas que presentaban diferentes niveles de contenido en semillas sin cáscara y salvado desgrasado. Entre ellas, solo 46 se retuvieron después del procesamiento de las semillas. Estas proteínas se agruparon en varias vías metabólicas importantes, como la biosíntesis de aminoácidos, la biosíntesis de azúcares y la actividad antioxidante, lo que significa que podrían actuar como objetivos para productos bioactivos o edición del genoma para mejorar la calidad y cantidad de proteína en los granos de soja. Estos hallazgos pueden mejorar nuestra comprensión sobre la robustez de las proteínas tanto para los cultivos de soja como para la mejora comercial del salvado, ya que las proteínas objetivo deben permanecer intactas después del procesamiento y deben ser bioactivas cuando se sobreexpresan. En general, el perfil proteómico del salvado de soja fue explorado por primera vez, proporcionando un valioso catálogo de proteínas objetivo que pueden tolerar el proceso industrial.