El pepino es el cultivo de verduras más importante en la familia de las Cucurbitáceas. El sesgo en el uso de codones (CUB) es un carácter valioso de la evolución de las especies. Sin embargo, hay poca investigación sobre el CUB del pepino. Por lo tanto, este estudio analiza los patrones de uso de codones del pepino y sus parientes dentro de las Cucurbitáceas a nivel genómico. El análisis de indicadores fundamentales de las características de los codones muestra que era ligeramente pobre en GC, y que había un débil sesgo en el uso de codones en el pepino. Realizamos el análisis de la gráfica de neutralidad, la gráfica de ENC, el índice P2 y COA indica que la composición de nucleótidos, la presión de mutación y la selección translacional podrían desempeñar roles en el CUB en el pepino y sus parientes. Entre estos factores, la composición de nucleótidos podría desempeñar el papel más crítico. Basándonos en estos análisis, se identificaron 30 codones óptimos en el pepino, la mayoría de ellos terminando con U o A. Mientras tanto, basándonos en los valores de RSCU de las especies, se construyó un árbol de agrupamiento, en el que la situación del pepino es consistente con los estudios taxonómicos y evolutivos actuales en las Cucurbitáceas. Este estudio comparó sistemáticamente los patrones de CUB y los factores de conformación del pepino y sus parientes, sentando las bases para futuras investigaciones sobre ingeniería genética y mecanismos evolutivos en las Cucurbitáceas.