El análisis de acilación selectiva de 2-hidroxilo analizado por extensión de cebadores (SHAPE) es una técnica ampliamente utilizada para el análisis de la estructura del ARN mediante el tratamiento con anhídrido N-metilisatoico (NMIA) que se ha demostrado ser aplicable a diferentes tipos de plantillas de ARN. En este estudio, realizamos el análisis estructural del ARN satélite viral del virus del mosaico del pepino TA-Tb (satCMV TA-Tb) utilizando el método SHAPE. En el experimento preliminar, optimizamos el protocolo del método SHAPE para analizar satCMV TA-Tb determinando una cantidad adecuada de ARN de plantilla. Esta optimización redujo efectivamente la aparición de un gran número de bandas intensas en la pista de muestra no tratada con NMIA, junto con una señal de fondo general fuerte que impedía la clara elucidación de la estructura del ARN. El análisis SHAPE indicó la presencia de regiones flexibles no estructuradas y de cadena sencilla en todo satCMV TA-Tb con tramos flexibles prominentes ubicados alrededor de las posiciones de nucleótidos 145 a 200. Las posiciones de estas regiones flexibles fueron particularmente consistentes con una estructura secundaria de satCMV TA-Tb predicha por el software mfold v.2.3, que consistía en cinco asas de tallo proximales a 5 y 3 y una gran asa de tallo de múltiples ramificaciones internas. El alineamiento de secuencias y la predicción de la estructura secundaria del ARN de otras secuencias de satCMV que pertenecen filogenéticamente al mismo grupo que satCMV TA-Tb también sugirieron la presencia de estructuras de asa de tallo proximales a 5 y 3. Nuestros datos proporcionan la base estructural para elucidar el mecanismo por el cual satCMV TA-Tb regula la patogenicidad y replicación de su virus auxiliar.