Los microARN (miARN) son moléculas de ARN pequeñas endógenas de 20 a 24 nucleótidos que están surgiendo como una clase importante de reguladores específicos de secuencia que actúan para modular la expresión génica a nivel post-transcripcional. Ha habido un aumento de interés en la última década en identificar miARN y perfilar su patrón de expresión utilizando diversos enfoques experimentales. En particular, se ha utilizado con éxito el muestreo ultra profundo de bibliotecas de ARN de bajo peso molecular específicamente preparadas, basadas en tecnologías de secuenciación de nueva generación, en diversas especies. El desafío ahora es deconvolucionar efectivamente los complejos datos de secuenciación para proporcionar información completa y confiable sobre los miARN, los precursores de miARN y el perfil de expresión de los genes de miARN. Aquí revisamos las herramientas computacionales recientemente desarrolladas y sus aplicaciones en el perfilado de los transcriptomas de miARN, con énfasis en la planta modelo. También se destaca el progreso y la comprensión de la biología de los miARN derivados del análisis de los datos de secuenciación profunda disponibles.