Desde 2010, el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) ha barrido China y se ha propagado por todo el país, causando enormes pérdidas económicas. En este estudio, se recolectaron 673 muestras de diarrea de 143 granjas porcinas en Guangxi durante 2017-2022 y se detectó la presencia de PEDV. Se seleccionaron noventa y ocho cepas para análisis del gen S1 y estas cepas se clasificaron en cuatro subgrupos (G1b, G2a, G2b y G2c), que representan el 1.02 (1/98), 75.51 (74/98), 16.33 (16/98) y 7.14% (7/98) del total, respectivamente. Es importante destacar que se encontró un aumento en el número de cepas en el subgrupo G2c a partir de 2019. El análisis bayesiano reveló que Guigang puede haber sido el epicentro de los PEDV en Guangxi. Además, Guigang fue identificado como el principal centro desde el cual los PEDV se propagaron a través de dos rutas, a saber, Guigang-Wuzhou y Guigang-Laibin. Además, se encontraron varias coinfecciones de variantes novedosas de PEDV que presentan grandes deleciones en la proteína S1 parcial y PEDV que poseen una proteína S1 parcial intacta en cerdos. Análisis de recombinación adicionales indicaron que dos de las cepas, 18-GXNN-6 y 19-GXBH-2, se originaron a partir de recombinación intra-genogrupo. En conjunto, nuestros datos revelaron un nuevo perfil de PEDV en Guangxi, China, lo que mejora nuestra comprensión de la distribución, características genéticas y perfil evolutivo de las cepas de PEDV circulantes en China.