El trigo (L.) es uno de los cultivos básicos más importantes del mundo, junto con el maíz y el arroz. Se conocen más de 50 virus de plantas que infectan el trigo en todo el mundo. Hasta la fecha, no hay estudios sobre la identificación de virus que infectan el trigo en Corea. Por lo tanto, investigamos el viroma en el trigo de tres regiones geográficas diferentes donde se cultiva principalmente el trigo en Corea utilizando la secuenciación de Oxford Nanopore Technology (ONT) y la secuenciación de Illumina. Se identificaron cinco especies virales, incluidas aquellas conocidas por infectar el trigo, utilizando estrategias de secuenciación de alto rendimiento. De estas, el virus G de la cebada (BVG) y el endornavirus (HvEV) estaban presentes de manera consistente en todas las bibliotecas. El virus de la hoja amarilla de la caña de azúcar (SCYLV) y el virus asociado al amarillamiento de la hoja del trigo (WLYaV) fueron identificados por primera vez en muestras de trigo coreanas. Los virus identificados por la secuenciación ONT y la secuenciación de Illumina se compararon utilizando un mapa de calor. Aunque el enfoque de secuenciación ONT es menos sensible, los resultados del análisis fueron similares a los de la secuenciación de Illumina en nuestro estudio. Ambas plataformas sirvieron como herramientas confiables y poderosas para detectar e identificar virus del trigo, logrando un equilibrio entre la practicidad y el rendimiento. Los hallazgos de este estudio proporcionarán una comprensión más profunda de la virosfera del trigo y ayudarán a mejorar las estrategias de manejo de enfermedades.