El jujube chino (Mill.) se originó en la cuenca del río Amarillo (YRB) de la región de Shanxi-Shaanxi. El valor C genómico es un indicador crucial para la mejora de plantas y la evaluación de germoplasma. En este estudio, utilizamos citometría de flujo para determinar los valores C genómicos de los germoplasmas de jujube en la YRB de la región de Shanxi-Shaanxi y evaluamos sus diferencias en diferentes subregiones. De las 29 subregiones, las variaciones más altas y más bajas se encontraron en Linxian y Xiaxian, respectivamente. La diferencia entre los germoplasmas de jujube fue altamente significativa (F = 14.89, < 0.0001) en Linxian. El análisis de clúster mostró que tanto el clúster 2 como el 4 pertenecían a Linxian, que estaban claramente separados de otros taxones pero se distribuían de manera cruzada entre ellos. El condado de Linxian es un importante centro de intercambio de genes en la YRB de la región de Shanxi-Shaanxi. El análisis de componentes principales mostró que el clúster 1 tenía bajos valores C genómicos y pesos de fruta individual, mientras que el clúster 2 tenía altos valores C genómicos y contenidos de vitamina C. El valor C genómico estaba correlacionado con el peso de la fruta individual y el contenido de vitamina C. Además, el valor C genómico se utilizó para predecir rasgos agronómicos de la fruta, proporcionando una referencia para acortar el ciclo de mejora y estudios relacionados con la diversidad genética del germoplasma de jujube.