En este trabajo, discutimos los desafíos numéricos involucrados en el cálculo de los valores propios complejos de problemas de cuerpos flexibles múltiples amortiguados. Con el objetivo de alcanzar la mayor generalidad, el método candidato debe ser capaz de manejar modos de cuerpos rígidos arbitrarios (mecanismos libres-libres), restricciones algebraicas arbitrarias y debe poder aprovechar el patrón de esparsidad de los jacobianos de sistemas grandes. Proponemos una implementación personalizada del método de Krylov-Schur, demostrando su robustez y su precisión en una variedad de diferentes casos de prueba complejos.