Li es un pez salmónido de agua fría en peligro de extinción nativo de China. Este estudio tuvo como objetivo identificar genes relacionados con el sexo y vías biológicas a través de la secuenciación del transcriptoma gonadal de Li. Se identificaron un total de 167,904 unigenes con una longitud promedio de 836 pb y un N50 de 1452 pb, de los cuales 84,977 (50.61%) unigenes fueron anotados con éxito en seis bases de datos principales. El análisis comparativo del transcriptoma identificó 22,864 genes expresados diferencialmente (DEGs), de los cuales 17,231 estaban regulados al alza (genes sesgados hacia el macho, mDEGs) y 5633 estaban regulados a la baja (genes sesgados hacia la hembra, fDEGs). Se encontraron varios DEGs asociados con el desarrollo gonadal a través del análisis de enriquecimiento de Gene Ontology, como , , , , y se encontró que las vías de señalización relacionadas con el desarrollo gonadal estaban enriquecidas a través del análisis utilizando la base de datos de vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto, como genes involucrados en la reparación por escisión de bases, la vía de señalización Notch, la interacción ligando-receptor neuroactiva, la vía de señalización VEGF y la vía de señalización de estrógenos. Además, se determinaron los niveles de expresión de ARNm de 19 DEGs para validar la fiabilidad de los datos transcriptómicos mediante reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real. Estos resultados revelaron genes y vías de señalización potencialmente involucrados en el desarrollo gonadal en Li y proporcionaron datos moleculares básicos para futuras investigaciones sobre la regulación reproductiva y la cría de Li.