El virus del mosaico de la soja (SMV) es una enfermedad viral mundial y difícil de controlar en la soja. Kefeng-1 es una variedad élite resistente al SMV en China. Para descubrir genes de resistencia y redes de regulación en Kefeng-1, analizamos datos de transcriptoma de variedades de soja resistentes (Kefeng-1) y susceptibles (NN1138-2) en respuesta a la infección de la cepa SC18 de SMV a 0, 6 y 48 horas después de la inoculación (hpi) y 5 días después de la inoculación (dpi). Se identificaron muchos genes diferencialmente expresados (DEGs) con Kefeng-1 y NN 1138-2. Basándonos en el análisis de enriquecimiento para la ontología génica (GO) y la vía de genes y genomas de la Enciclopedia de Kyoto (KEGG), encontramos que 48 hpi fue el mejor momento para la respuesta de defensa de las dos variedades de soja ante la infección por SMV. La expresión de siete genes candidatos fue verificada posteriormente por qRT-PCR y fue relativamente consistente con los resultados de RNA-Seq. La expresión de genes para y , miembros de la familia de proteínas insensibles al etileno 3/insensibles al etileno 3 similar (EIN3/EIL) involucrados en ETH, fue regulada a la baja en NN1138-2 pero no en Kefeng-1 y la expresión de fue regulada al alza en Kefeng-1 a los 5 dpi. La expresión de genes represores de ácido jasmónico (TIFY/JAZ) fue regulada a la baja en NN1138-2 pero no en Kefeng-1. NPR1 involucrado en la vía de señalización del ácido salicílico fue regulado a la baja en NN1138-2 a las 48 hpi pero al alza en Kefeng-1. Muestra que las vías de señalización del etileno, ácido jasmónico y ácido salicílico pueden estar involucradas en el proceso de resistencia a la cepa SC18 del SMV. Nuestros hallazgos ayudarían a comprender el mecanismo molecular de resistencia de la soja al SMV.