Los plátanos son una parte importante de la dieta de millones de personas en todo el mundo. La baja absorción de P y la eficiencia de uso restringen significativamente los rendimientos de plátano. Para explorar más a fondo los mecanismos moleculares de regulación de P en plantas de plátano, utilizamos análisis transcriptómico basado en secuenciación de ARN para plantas de plátano sometidas a estrés por déficit de Pi durante 60 días. Se detectaron 1900 genes expresados diferencialmente (DEGs) de manera significativa en las partes aéreas de la planta y 7398 DEGs en las partes de la raíz bajo estrés por bajo P. El análisis de clasificación de ontología génica (GO) mostró que 156,291 términos GO pertenecientes a funciones moleculares, 53,114 términos GO pertenecientes a componentes celulares y 228,544 términos GO pertenecientes a procesos biológicos se enriquecieron en las partes aéreas y de la raíz. Se encontraron varios DEGs involucrados en procesos relacionados con el metabolismo energético, la transducción de señales, el control de la activación de P en la rizosfera y la movilización de Pi, los cuales fueron confirmados por análisis de Reacción en Cadena de la Polimerasa de Transcripción Inversa Cuantitativa (qRT-PCR). A nivel transcriptómico, se detectaron 13 DEGs de diferentes órganos y con diferentes funciones en la respuesta temporal al estrés por deficiencia de fósforo. Estos DEGs pueden incluir algunos genes clave que regulan la red de fósforo, aumentando nuestra comprensión del mecanismo molecular de la homeostasis de Pi en el plátano. Estos hallazgos también ayudarán a desarrollar biotecnologías para crear una variante de plátano con una absorción y utilización de Pi más efectivas.