La mancha bacteriana del arroz (BB), causada por pv. (), es una amenaza importante para la producción de arroz y la seguridad alimentaria. Explorar nuevos genes de resistencia y desarrollar variedades con resistencia de amplio espectro y alta resistencia ha sido un enfoque clave en la investigación sobre la resistencia a enfermedades del arroz. En un estudio preliminar, se desarrolló la variedad de arroz Fan3, que exhibe alta resistencia a PXO99 y susceptibilidad a AH28, mejorando la resistencia de Yuehesimiao (YHSM) a BB. Este estudio realizó un análisis de transcriptoma en las hojas de Fan3 y YHSM tras la inoculación con las cepas AH28 y PXO99. El análisis reveló una expresión diferencial significativa de 14,084 genes. Entre las familias de factores de transcripción (TF) identificadas, bHLH, WRKY y ERF fueron prominentes, con diferencias notables en la expresión de , , y entre las muestras. Más de 100 genes estaban directamente relacionados con la resistencia a enfermedades, incluidos casi 30 genes de la familia NBS-LRR. Además, se detectaron 11 genes de proteínas de la familia SWEET, más de 750 genes de quinasas de proteínas, 63 genes de peroxidasa y ocho genes de aminoliasa de fenilalanina. El análisis de ontología genética (GO) mostró un enriquecimiento significativo en vías relacionadas con la respuesta de defensa a bacterias y la respuesta al estrés oxidativo. El análisis de enriquecimiento de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) indicó que los genes expresados diferencialmente (DEGs) estaban enriquecidos en las vías de biosíntesis de fenilpropanoides y biosíntesis de diterpenoides. Los resultados de expresión génica de qRT-PCR fueron consistentes con los de RNA-Seq, subrayando la fiabilidad de los hallazgos. Los genes candidatos identificados en este estudio que pueden ser resistentes a BB, como los genes de la familia NBS-LRR y , los genes de la familia SWEET y , y los genes que expresan quinasas de proteínas y , proporcionarán una base teórica para experimentos futuros. Estos resultados sugieren que la respuesta inmune del arroz a las dos cepas puede estar más concentrada en la etapa temprana, y hay más genes regulados al alza en la respuesta inmune de los que son altamente resistentes a PXO99A y medianamente resistentes a AH28, respectivamente, en comparación con el arroz altamente susceptible. Este estudio ofrece una base para futuras investigaciones sobre genes de resistencia y los mecanismos moleculares en Fan3 y YHSM.