L. (naranja agria) es un cultivo medicinal y frutal chino significativo, rico en flavonoides. Sin embargo, las vías y los genes involucrados en la biosíntesis de flavonoides en las etapas de desarrollo clave de L. no se comprenden completamente. Este estudio encontró que la concentración total de flavonoides disminuyó gradualmente a medida que el fruto se desarrollaba. Además, mostró que la neohesperidina era el principal flavonoide en las primeras etapas del desarrollo del fruto de naranja agria. Sin embargo, a medida que avanzaba la etapa de desarrollo, el contenido de naringina aumentó rápidamente y emergió como el principal componente flavonoide. De 27 bibliotecas de cDNA, la secuenciación de ARN produjo 16.64 mil millones de bases limpias, incluyendo 8989 genes expresados diferencialmente. Identificamos 74 unigenes relacionados con flavonoides mapeados a las vías de biosíntesis de fenilalanina, tirosina y fenilpropanoides. Se identificaron un total de 152 genes de UDP-glucuronosiltransferasa (UGTs) de la base de datos del transcriptoma de L., de los cuales 22 UGTs correlacionados con flavonoides clave se dividieron en cinco grupos principales de AtGT: E, G, I, L, M. Observamos que los factores de respuesta al etileno (ERF) y la familia de myeloblastosis (MYB) regulaban principalmente los genes clave involucrados en la biosíntesis de flavonoides. En general, nuestro estudio generó datos de transcriptoma extensos y detallados sobre el desarrollo de L. y caracterizó el patrón de biosíntesis de flavonoides durante sus etapas de desarrollo del fruto. Estos resultados beneficiarán la modificación genética o la selección para aumentar el contenido de flavonoides en las naranjas agrias.