La enfermedad del mosaico de la manzana (AMD) es una enfermedad viral generalizada que afecta a las regiones productoras de manzanas en todo el mundo. Estudios recientes han identificado un nuevo ilarvirus, el virus del mosaico necrótico de la manzana (ApNMV), como el principal agente causal de AMD en China. Sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a la patogénesis de AMD y los cambios globales en la expresión génica durante el desarrollo de síntomas de mosaico siguen siendo en gran medida desconocidos. En este estudio, realizamos un análisis de transcriptoma para investigar las respuestas génicas de la manzana a AMD. Se identificaron un total de 815 genes expresados diferencialmente (DEGs) en hojas de mosaico en comparación con controles sanos, mientras que se encontraron 1050 DEGs entre hojas asintomáticas (infectadas con ApNMV) y hojas de mosaico. El análisis de enriquecimiento funcional reveló que estos DEGs estaban predominantemente involucrados en el metabolismo de carbohidratos, procesos de oxidación-reducción, biosíntesis de metabolitos secundarios y transducción de señales de hormonas vegetales. Ensayos biológicos adicionales demostraron que la manifestación de síntomas de mosaico en las hojas de manzana estaba asociada con la acumulación de especies reactivas de oxígeno (ROS) y la regulación a la baja de genes que eliminan ROS. En conjunto, nuestros hallazgos proporcionan nuevas perspectivas sobre la base molecular del desarrollo de síntomas de mosaico inducidos por ApNMV en la manzana y ofrecen posibles objetivos para la gestión de AMD.