En las últimas décadas, cambios significativos han impulsado el avance de los sistemas de producción agrícola en Brasil. El objetivo de este estudio es analizar la eficiencia y transformación del sistema de producción agrícola en el Área de Preservación Ambiental (APA) a través de los flujos de entrada y salida de nitrógeno. Metodológicamente, el enfoque se considera mixto, consistiendo en un estudio de caso y basado en técnicas cuantitativas y cualitativas. Se elaboraron diagramas de flujo e indicadores para evaluar los flujos de nitrógeno a lo largo del tiempo. Los resultados fueron confirmados a través de entrevistas semiestructuradas. Los resultados indicaron que la producción basada en eficiencia económica es uno de los principales factores que transforman el sistema ganadero. La transformación del sistema de producción en ganadería no redujo los flujos de nitrógeno. Los indicadores productivos y económicos reafirman la transformación y volatilidad de los sistemas ganaderos bajo contextos económicos y políticos, incluso en una unidad de protección ambiental.