La papaya es un cultivo de frutas económicamente importante que se planta principalmente en regiones tropicales y subtropicales. Las principales enfermedades de la papaya, como la enfermedad del marchitamiento de la papaya (PDD), la enfermedad del virus del mosaico de la papaya (PRSV) y la enfermedad pegajosa de la papaya (PSD), han causado grandes pérdidas de rendimiento y económicas en los países productores de papaya en todo el mundo. Las pérdidas poscosecha también han contribuido al declive en la producción de papaya. Por lo tanto, hay una necesidad urgente de asegurar la producción de papaya para una población mundial en crecimiento. Se anticipa la integración de recursos ómicos en la cría de cultivos para facilitar cultivos mejor diseñados en el programa de cría. En la investigación de la papaya, la aplicación de enfoques ómicos y bioinformáticos está aumentando gradualmente y está en marcha. Por lo tanto, esta revisión se centra en abordar las tecnologías ómicas y bioinformáticas que se utilizan en la investigación de la papaya. Hasta la fecha, se han estudiado cuatro rasgos de la papaya utilizando enfoques ómicos y bioinformáticos, que incluyen su proceso de maduración, estrés abiótico, resistencia a enfermedades y calidad de la fruta (es decir, dulzura, forma de la fruta y tamaño de la fruta). Esta revisión también destaca el potencial de los datos de genética y genómica, así como el enfoque de biología de sistemas que se puede aplicar en un programa de cría de papaya en un futuro cercano.