El efecto de la fluctuación de fase en el muestreo diferencial utilizando el sistema estándar de voltaje Josephson programable (PJVS) se estudia en este documento. Se establece un modelo de fluctuación de fase para la señal medida y se derivan coeficientes de compensación para la eliminación de la fluctuación de fase para tres métodos de posprocesamiento diferentes basados en el algoritmo de transformada discreta de Fourier (DFT). Según nuestro análisis, los coeficientes de compensación de la fluctuación de fase están determinados por la distribución del ángulo de fluctuación de fase y el orden armónico. Además, después de analizar y simular varias distribuciones comunes, se han verificado los coeficientes de compensación de la fluctuación de fase. La simulación muestra que cuando la desviación estándar del ángulo de fluctuación de fase es de 20 ns, y la frecuencia de la forma de onda medida es de 3.46 kHz, la influencia de la fluctuación de fase es de 1 x 10. Los resultados de la simulación indican que, en el muestreo diferencial de formas de onda de CA utilizando un sistema PJVS, la fluctuación de fase es uno de los términos de error para un presupuesto de incertidumbre que no se puede descuidar, especialmente a medida que aumenta la frecuencia de las formas de onda medidas.