El secuenciamiento a través de la unión entre un ADN de transferencia integrado (T-DNA) y el genoma de una planta huésped proporciona dos piezas importantes de información. Las uniones en sí mismas proporcionan información sobre la proporción de T-DNA que se ha integrado en el genoma de la planta huésped, mientras que las secuencias flanqueantes del transgen se pueden utilizar para estudiar el entorno genético local del transgen integrado. Además, esta información es importante en la evaluación de la seguridad de los cultivos GM y es esencial para la trazabilidad de los GM. En este estudio, se llevó a cabo un análisis detallado de las secuencias de unión del T-DNA del borde derecho de líneas de cebada transgénica independientes de copia única. Se encontró que las truncaciones del T-DNA en el borde derecho eran relativamente comunes y afectaban al 33.3% de las líneas. Además, el 14.3% de las líneas tenían secuencias de construcción reorganizadas después del punto de ruptura del borde derecho. Un análisis en profundidad de las secuencias flanqueantes de la planta huésped reveló que una proporción significativa de los T-DNA se integró en o cerca de elementos repetitivos conocidos. Sin embargo, esta integración en el ADN repetitivo no tuvo un efecto negativo en la expresión del transgen.