El uso de esteroides anabólicos-androgénicos (EAA) como promotores del crecimiento en animales de granja está prohibido en la Unión Europea, representando tanto una práctica ilícita como un riesgo para la salud del consumidor. Sin embargo, estos compuestos todavía se administran ilegalmente, a menudo en forma de ésteres sintéticos. Este trabajo tuvo como objetivo caracterizar perturbaciones significativas del ARN codificante relacionadas con la administración ilícita de ésteres de testosterona y nandrolona en cerdos de engorde. Un total de 27 cerdos clínicamente sanos de 90 días fueron asignados aleatoriamente a grupos de prueba y control. Nueve animales fueron tratados con ésteres de testosterona (Sustanon) y otros nueve con ésteres de nandrolona (Myodine). Al final del ensayo, se recolectaron y analizaron muestras de hígado utilizando RNAseq, lo que permitió la identificación de 491 genes expresados diferencialmente (GED). La firma transcripcional fue caracterizada además por un subgrupo más pequeño de 143 GED, del cual se seleccionaron 16 genes. El análisis de qPCR confirmó que el clúster identificado aún podía proporcionar una buena discriminación entre cerdas no tratadas y machos castrados en comparación con sus contrapartes tratadas con testosterona. Una encuesta de campo concluyente sobre 67 muestras de hígado recolectadas de cerdos de diferentes razas y categorías de peso confirmó, de acuerdo con los perfiles de residuos de testosterona, la especificidad de los biomarcadores transcripcionales seleccionados, mostrando sus posibles aplicaciones para fines de detección cuando se sospecha tratamiento con EAA, permitiendo enfocar investigaciones adicionales de las autoridades competentes y análisis confirmatorios donde sea necesario.