La aparición continua y rápida de nuevas cepas virales exige una mejor comprensión de los cambios fundamentales que ocurren dentro de la célula huésped tras la infección viral. En este estudio, analizamos datos de transcriptoma de RNA-seq de células epiteliales pulmonares humanas Calu-3 infectadas con el coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo 2 (SARS-CoV-2) en comparación con cinco otros virus, a saber, el coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV), el síndrome respiratorio de Oriente Medio (SARS-MERS), el virus de la influenza A (FLUA), el virus de la influenza B (FLUB) y el rinovirus (RHINO) en comparación con células no infectadas y caracterizamos sus retratos transcripcionales de RNA codificante y no codificante. La inducción de interferón, inflamación y respuesta inmune fue una característica distintiva de la infección por SARS-CoV-2. La bioinformática integral reveló la activación de la respuesta inmune y la respuesta de defensa al virus como una característica común de la infección viral. Sin embargo, el grado de activación de categorías funcionales y vías de señalización varió entre los diferentes virus. El análisis de vías de ingenio destacó las vías cónicas y casuales alteradas relacionadas con TNF, IL1A y TLR7, que se observan más predominantemente durante la infección por SARS-CoV-2. No obstante, la activación de la quimiotaxis y la síntesis de lípidos fue prominente en las células infectadas por SARS-CoV-2. A pesar de la común entre todos los virus, nuestros datos revelaron la hiperactivación de la quimiotaxis y el tráfico de células inmunitarias, así como la síntesis aumentada de ácidos grasos como mecanismos plausibles que podrían explicar las tormentas de citoquinas inflamatorias asociadas con casos severos de COVID-19 y la rápida propagación del virus, respectivamente.