es un cultivo económico valioso que se cultiva ampliamente por su sabor único y su rico contenido nutricional. Aunque algunos estudios han mostrado diferencias en el contenido de flavonoides entre diferentes especies de chiles, el mecanismo por el cual los cambios en la composición de flavonoides conducen a variaciones en el color de la fruta sigue siendo poco reportado. Realizamos transcriptómica y secuenciación de metaboloma ampliamente dirigida en tres etapas de crecimiento diferentes de la fruta y analizamos los datos para comprender mejor el mecanismo del cambio de color. Basándonos en investigaciones previas sobre los genes que regulan los compuestos flavonoides y el complejo MBW, hemos identificado un total de 28 genes centrales relacionados con la biosíntesis de flavonoides y 8 genes que pueden estar relacionados con la síntesis de flavonoides. A través de un extenso análisis metabolómico dirigido, se identificaron 581 metabolitos diferenciales, incluidos 43 flavonoides. La mayoría de antocianinas, flavonoles y flavonoides se encontraron en mayor abundancia durante la etapa de fruta inmadura, lo que presumimos está asociado con la expresión diferencial de genes involucrados en la biosíntesis y regulación de flavonoides. Estos hallazgos proporcionan una referencia útil para comprender la síntesis de flavonoides y la acumulación de frutas en