La salinidad es un importante factor de estrés abiótico que conduce a pérdidas de productividad en el arroz (L.). En este estudio, el perfil del transcriptoma y los genes relacionados con la heterosis fueron analizados mediante secuenciación de ácido ribonucleico (ARN) en plántulas de un híbrido de arroz mega, Liang-You-Pei-Jiu (LYP9), y sus dos progenitores 93-11 y Pei-ai64s (PA64s), bajo condiciones de control y dos niveles de salinidad diferentes, donde encontramos 8292, 8037 y 631 genes diferencialmente expresados inducidos por la sal, respectivamente. Los genes relacionados con la heterosis se obtuvieron en mayor cantidad después de 14 días de tratamiento con sal que después de 7 días. Hubo 631 y 4237 genes diferencialmente expresados inducidos por la sal relacionados con la heterosis bajo estrés salino de 7 días y 14 días, respectivamente. La clasificación funcional de genes mostró la expresión de genes involucrados en la actividad de fotosíntesis después del tratamiento de estrés de 7 días, y en la actividad metabólica y catabólica después de 14 días. Además, correlacionamos la concurrencia de una expresión de genes diferencialmente expresados para el factor de transcripción bHLH y un locus de rasgo cuantitativo relacionado con la longitud del brote/salinidad qSL7 que previamente mapeamos con precisión, proporcionando un caso confirmado de genes relacionados con la heterosis. Este experimento revela la divergencia transcriptómica del híbrido F1 de arroz y sus líneas parentales bajo estado de control y estrés salino, y arroja luz sobre los significativos mecanismos moleculares desarrollados con el tiempo en respuesta al estrés salino.