La resistencia antimicrobiana es un hallazgo frecuente durante la infección bacteriana del tracto urinario en perros y gatos. Este estudio evaluó las especies bacterianas, los patrones de resistencia antimicrobiana y la tasa de resistencia a múltiples fármacos en aislamientos clínicos de perros y gatos en un hospital veterinario universitario europeo; además, evaluamos la tendencia de resistencia a múltiples fármacos en un seguimiento a largo plazo, aplicando las directrices de la Sociedad Internacional de Enfermedades Infecciosas en Animales de Compañía para infecciones del tracto urinario como guía para la administración de antimicrobianos. En nuestro estudio, casi la mitad de los casos se clasificaron como infección del tracto urinario superior y cistitis recurrente; además, este estudio mostró que la resistencia antimicrobiana alcanzó el 75% de los aislamientos clínicos y el porcentaje de resistencia a múltiples fármacos fue del 37%, incluyendo resistencia principalmente contra antibióticos de primera línea como las penicilinas para cistitis esporádicas y fluoroquinolonas para pielonefritis, respectivamente. La aplicación de las directrices para infecciones del tracto urinario durante un período de seguimiento de 30 meses condujo a una disminución significativa en la resistencia a múltiples fármacos. Nuestro trabajo destaca cómo la aplicación de las directrices internacionales para infecciones del tracto urinario como herramienta para la administración de antimicrobianos puede reducir significativamente la resistencia antimicrobiana en la práctica diaria durante un seguimiento a largo plazo; además, enfatiza la evaluación bacteriológica como un examen fundamental para el tratamiento de infecciones del tracto urinario, guiando la prescripción de antibióticos de manera basada en evidencia para reducir la propagación de la resistencia antimicrobiana.