Las superinfecciones virales en las aves de corral pueden afectar gravemente la salud de los pollos y causar importantes pérdidas económicas. Dos virus, el virus de la leucosis aviar del subgrupo J (ALV-J) y el virus de la enfermedad de Gumboro (IBDV), son especialmente preocupantes porque a menudo infectan a los pollos juntos, lo que lleva a problemas de salud agravados y a una reducción de la productividad. Investigaciones anteriores han estudiado estos efectos, pero se desconocían los genes y las vías específicas que impulsan este problema. En este estudio, analizamos muestras de órganos inmunológicos de pollos infectados con ALV-J, IBDV o ambos. Utilizando estos datos, mapeamos redes complejas entre las moléculas de ARN para revelar cómo interactúan estos virus, tanto trabajando juntos como a través de respuestas individuales. Identificamos los genes y las vías clave involucradas en estos procesos. Esta información podría apoyar nuevos métodos para controlar estas infecciones, mejorando la salud aviar y reduciendo las pérdidas económicas.