La toxicidad del boro (B) es un estresor importante que afecta negativamente el rendimiento del maíz y la calidad de la producción. El contenido excesivo de B en las tierras agrícolas es un problema creciente debido al aumento de áreas áridas y semiáridas por el cambio climático. Recientemente, se caracterizaron fisiológicamente dos razas de maíz peruanas, Sama y Pachía, basándose en su tolerancia a la toxicidad por B, siendo la primera más tolerante al exceso de B que Pachía. Sin embargo, muchos aspectos sobre los mecanismos moleculares de estas dos razas de maíz contra la toxicidad por B aún son desconocidos. En este estudio, se realizó un análisis proteómico de hojas de Sama y Pachía. De un total de 2793 proteínas identificadas, solo 303 proteínas se acumularon de manera diferencial. El análisis funcional indicó que muchas de estas proteínas están involucradas en procesos de transcripción y traducción, metabolismo de aminoácidos, fotosíntesis, metabolismo de carbohidratos, degradación de proteínas y estabilización y plegamiento de proteínas. En comparación con Sama, Pachía tuvo un mayor número de proteínas expresadas diferencialmente relacionadas con la degradación de proteínas y los procesos de transcripción y traducción bajo condiciones de toxicidad por B, lo que podría reflejar el mayor daño proteico causado por la toxicidad por B en Pachía. Nuestros resultados sugieren que la mayor tolerancia a la toxicidad por B de Sama puede atribuirse a una fotosíntesis más estable, lo que puede prevenir el daño causado por la sobrerreducción estromal bajo esta condición de estrés.