El trigo premium con una calidad de uso final alta generalmente escasea en China, especialmente el trigo duro y blando de alta calidad. Los genes influyen en la dureza del grano de trigo (es decir, un parámetro importante relacionado con la calidad del trigo) y son uno de los principales objetivos en los programas de mejoramiento del trigo. Sin embargo, el mecanismo por el cual los genes puroindolina controlan la dureza del grano sigue siendo incierto. En este estudio, se compararon tres variantes de puroindolina de trigo duro (MY26, GX3 y ZM1) con una variedad de trigo blando (CM605) que contiene el genotipo puroindolina tipo salvaje. Específicamente, se utilizaron métodos proteómicos para detectar proteínas diferencialmente abundantes (DAPs). En total, se identificaron y cuantificaron 6253 proteínas a través de un análisis proteómico cuantitativo de etiquetas de masas en tándem de alto rendimiento. De las 208 DAPs, 115, 116 y 99 proteínas se expresaron diferencialmente entre MY26, GX3 y ZM1 (variedades de trigo duro) y CM605, respectivamente. El análisis de clúster de las abundancias relativas de proteínas dividió las proteínas en seis clústeres. De estas proteínas, 67 y 41 proteínas fueron, respectivamente, más y menos abundantes en CM605 que en MY26, GX3 y ZM1. Los análisis de enriquecimiento detectaron seis términos GO, cinco vías KEGG y cinco términos IPR que fueron compartidos por las tres comparaciones. Además, se encontraron 12 proteínas asociadas con estos términos o vías que se expresaron diferencialmente en cada comparación. Estas proteínas, que incluían inhibidores de cisteína proteinasa, invertasas, subunidades de glutenina de bajo peso molecular e inhibidores de alfa amilasa, pueden estar involucradas en la regulación de la dureza del grano. Los genes candidatos identificados en este estudio pueden ser relevantes para futuros análisis del mecanismo regulador subyacente a la dureza del grano.