Este estudio examinó los perfiles de ubiquitinación de proteínas hepáticas en cabras lecheras periparturientes con hígado graso, un trastorno metabólico importante. Se recolectaron muestras de hígado y sangre de cabras sanas (Con, n = 3) y cabras con hígado graso (FL, n = 3) y se sometieron a análisis de proteómica cuantitativa y bioinformática. Las cabras FL mostraron niveles elevados de ácido beta-hidroxibutírico (BHBA) y ácidos grasos no esterificados (NEFA) en suero, y el análisis histológico reveló una extensa degeneración vacuolar y niveles más altos de triglicéridos en sus tejidos hepáticos. En total, se identificaron 238 sitios de ubiquitinación alterados diferencialmente en 921 proteínas en cabras FL, con 351 sitios siendo regulados al alza y 570 sitios regulados a la baja. Los análisis de Ontología de Genes (GO) y de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) mostraron que estas proteínas estaban enriquecidas en vías de metabolismo lipídico, incluyendo la señalización de PPAR, degradación de ácidos grasos y actividad de peroxisomas. Notablemente, las proteínas con ubiquitinación regulada a la baja (por ejemplo, ACSL1, ACSL5, EHHADH, ACAA1) fueron reguladas al alza a nivel transcripcional en cabras FL. Estos resultados destacan el papel crítico de la ubiquitinación en la patogénesis del hígado graso y ofrecen perspectivas para futuras investigaciones sobre la regulación metabólica en cabras lecheras.