En el presente estudio, se investigaron los proteomas fecales de perros clínicamente sanos (HD = n. 10), de perros que mostraban evidencia clínica, ultrasonográfica y/o de laboratorio de diferentes disfunciones hepatobiliar (DHD = n. 10), y de perros que sufrían de hepatitis crónica (CHD = n. 10) con un sistema Ultimate 3000 nanoUPLC, acoplado a un espectrómetro de masas Orbitrap Fusion Lumos Tribrid. Se identificaron cualitativamente cincuenta y dos proteínas diferentes de origen canino en los tres grupos de estudio, y se encontraron diferencias cuantitativas en 55 proteínas al comparar los grupos. Cuantitativamente, se encontraron un total de 41 y 36 proteínas con abundancia diferencial en los grupos DHD y CHD en comparación con el control HD, y 38 proteínas resultaron desreguladas en el grupo CHD en comparación con el grupo DHD. Entre las diversas proteínas, la fibronectina fecal y la haptoglobina, con abundancia diferente, estaban más presentes en las heces de perros sanos y DHD que en los crónicos, lo que nos lleva a hipotetizar su posible papel diagnóstico/monitorización en la hepatitis crónica canina. Por otro lado, el factor trefoil 2 estaba aumentado en los perros DHD. Nuestros resultados muestran que el análisis del proteoma fecal es un campo de estudio muy prometedor, y en el caso de los perros que sufren de diferentes trastornos hepatobiliares, fue capaz de resaltar tanto diferencias cualitativas como cuantitativas entre los tres grupos incluidos. Los resultados necesitan ser confirmados con western blotting y en estudios posteriores.