La caña de azúcar ( spp. híbridos) es uno de los cultivos comerciales más importantes para la producción de azúcar, etanol y otros subproductos; por lo tanto, es de gran importancia llevar a cabo investigaciones genéticas. Evaluar la estructura genética de la población y la diversidad desempeña un papel vital en la gestión de los recursos genéticos y el mapeo de genes. En este estudio, evaluamos la diversidad genética y la estructura de la población entre 196 accesiones, incluidos 34 , 69 , 17 , 25 , 13 , 2 y 36 spp. híbridos. Se amplificaron un total de 624 alelos SSR polimórficos mediante PCR con 22 pares de cebadores SSR altamente polimórficos marcados con fluorescencia e identificados en un sistema de detección de electroforesis capilar (CE), incluidos 109 nuevos alelos. Se realizaron tres enfoques (agrupamiento basado en modelo, análisis de componentes principales y análisis filogenético) para el análisis de la estructura de la población y la diversidad genética. Los resultados mostraron que las 196 accesiones podían agruparse en tres (Q) u ocho (q) subpoblaciones. El análisis filogenético indicó que la mayoría de las accesiones de cada especie se fusionaron. Las especies y formaron un grupo. Las especies , , spontaneum, , y los híbridos de caña de azúcar se fusionaron en el segundo grupo. Las accesiones formaron el tercer grupo ubicado entre los otros dos grupos. Las pruebas de chi-cuadrado de dos vías derivaron un total de 24 alelos SSR específicos de especie o asociados a la especie, incluidos cuatro alelos cada uno para , , , y , cinco alelos para . y tres alelos para spp. híbridos. Estos alelos SSR específicos de especie o asociados a la especie tendrán un amplio valor de aplicación en la cría de caña de azúcar y la identificación de especies. Los resultados generales proporcionan información útil para futuros estudios genéticos del género y la utilización eficiente de los recursos de germoplasma de la caña de azúcar en la cría de caña de azúcar.