Una variedad de diseños de perfil de cojinete se puede utilizar para mejorar el rendimiento de un sistema rotor-cojinete en condiciones severas, como operar con un desalineamiento del eje. Los desalineamientos suelen ocurrir debido a una deformación del muñón, desgaste del cojinete y errores de instalación. Este artículo investiga los efectos de los parámetros de diseño del cojinete bajo un desalineamiento del muñón en 3D para una amplia gama de relaciones longitud-diámetro, considerando cojinetes de muñón cortos, de longitud finita y largos. Además, se investiga la respuesta dinámica del sistema a la perturbación del muñón considerando perfiles de cojinete lineales y parabólicos. Se identifica una solución numérica basada en el método de diferencias finitas, y se derivan las ecuaciones de movimiento basadas en un análisis de estabilidad lineal en el que se utiliza el método de Runge-Kutta de cuarto orden para obtener las trayectorias del muñón. Los resultados muestran que ambos perfiles ayudan a mejorar el rendimiento del sistema rotor-cojinete en cuanto al grosor de la capa de lubricante y la distribución de presión, además de la velocidad crítica del eje en todo el rango considerado de relaciones longitud-diámetro. Esta mejora reduce los efectos negativos del desalineamiento en el rendimiento del sistema. La respuesta del sistema rotor-cojinete a la perturbación del muñón en el caso del perfil parabólico es muy cercana al caso de alineación perfecta en comparación con una modificación lineal.